有关蛋白质的计算问题，是高中生物学中的一个难点。特别是由于学生在学这部分知识时还没有学习有机化学，所以对有关问题理解起来比较难，下面例举几个有关蛋白质的计算常见问题，以便于学生对这部分难点问题的理解与突破：
例1：某蛋白质由m条肽链、n个氨基酸组成。该蛋白质至少有多少个氧原子
A n-m B n-2m C n+m D n+2m
解析：由于本题问题落脚点为“氧原子”，所以要思考一下，蛋白质中含氧的部位：1是羧基中2个氧；2是肽键中1个氧；3是R基中可能含氧。可本题强调“至少”，则R基氧可排除。那么对于含m条肽链、n个氨基酸的蛋白质来说羧基数应是m个（因为每条肽链至少1个羧基），则含氧为2m；肽键数为n-m个，则含氧数为n-m个。所以此蛋白质的含氧原子数为：（n-m）+2m=n+m个。
列2：如果有足量的3种氨基酸，分别为A、B、C。则它们能形成的三肽种类以及包含三种氨基酸的三肽种类最多为
A 27 、9 B 9、6 C 27、6 D 9、3
解析：本题的难点在于首先是否能分清这3种氨基酸能形成的三肽种类和包含三种氨基酸的三肽种类有何不同，前者由于只要是三肽就可以所以其种类数是：3X3X3=27种；后者由于要求三肽要有三种氨基酸，所以其种类数只能是：3X2X1=6种。
例3：某多肽分子中C有201个、H348个、O62个、N53个，氨基3个，羧基2个，则次多肽分子中氨基酸数目最多可能是
A 62 B 53 C 52 D 51
解析：这类给出氨基酸各种组成原子个数的题目，一般优先看N，没有N的则看O。次题就属于需要通过N元素的个数来计算的一道题。由于每个氨基酸中至少含有1个N原子，现在此多肽含有53个N原子，所以最多也不会超过53个氨基酸，先排除A。又由于题干中给出此多肽分子还含有3个氨基，多肽至少一端有1个氨基，那么其它两个氨基应在R基上。所以其氨基酸数目最多为：53-2=51。
例4某蛋白质由一条线性肽链与一条环形肽链构成（忽略链接键），其中线性肽链含有108个氨基酸，环形肽链含有95氨基酸，设每个氨基酸的分子量为a，则此蛋白质的分子量为多少？
解析：该蛋白质的分子量应该等于组成该蛋白质的氨基酸数的分子量（108+95）a减去失去水的个数乘以水的分子量18，那么这种蛋白质形成时脱去多少水分子呢？一般算法是用（108+95）-2，可是本题不行，因为其中一条链是环形肽链，形成肽链时肽键数（脱水数）等于氨基酸数，所以本题的最终结果应该是：（108+95）a-18X（108+95-1）。
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